水果酵素的本质这种将不同的水果、糖、水混合后密封保存做法其本质上就是一种自然发酵，实际上这种做法和常见的泡菜做法无异。
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这种将不同的水果、糖、水混合后密封保存做法其本质上就是一种自然发酵，实际上这种做法和常见的泡菜做法无异。这种仅仅是简单的依靠制作材料本身所携带的微生物，在自然密封的环境中繁殖形成一定的菌落，通过这些菌落代谢产生的物质十分复杂多样，且无法人为控制，会对人体健康产生潜在的健康风险。
水果酵素在制作的同时需要加入大量的糖分来改善口味，尝起来滋味酸甜的水果酵素其甜味主要来源于事先加入的糖分以及水果自身所释放出来的糖，在让口味变得好喝的同时，也在无形中增加了人体对糖分的摄入。其实对健康而言，这种高糖的饮品并非什么最佳选择。
日常制作的水果酵素方法简单，卫生条件也无法保障，换个角度来说，所谓的水果酵素就是一瓶可以为各种细菌提供丰富营养物质的培养基。水果表面的一些致病菌。在一些特殊的情况下，一旦这些致病菌占到了上风快速繁殖。很多霉菌包括多种青霉、曲霉在内的霉菌都可能会在这瓶营养基中大量繁殖代谢，可以产生各种有毒甚至是致癌的代谢产物。
及时是在卫生条件合格、没有收到霉菌污染的水果酵素来说，其健康风险依旧还是不容忽视的。众所周知，食入0.3～0.5克的亚硝酸盐即可引起中毒，3克导致死亡，而亚硝酸盐是水果酵素制作过程中难以避免的产物，虽然随着存放时间的延长，亚硝酸盐含量会下降，但增加的发酵时间则会增加其他物质的产生。
有些时候会发现食入水果酵素有点酒精的味道，这其实是水果中含有的大量果胶经过微生物发酵作用的一大产物甲醇。甲醇是一种无色有酒精气味易挥发的液体，人口服中毒最低剂量约为100mg/kg体重，经口摄入0.3～1g/kg可致死。在酵母发酵过程中，甲醇含量可以达到近20毫克每毫升，在酒味没有那么重的“水果酵素”中，甲醇含量也能达到每毫升数毫克的水平，对人体的危害是显而易见的。
水果酵素中号称是一些有生物活性的酶类。这根本就是人们主观的想象了。在细菌的作用下，酶作为在水果中存在的蛋白质，早就被细菌分解成氨基酸了。即使还有一部分完整的酶存在，一喝到人体胃里面，马上被胃蛋白酶分解，胃酸作用，失去酶的活性了，所以说水果酵素根本就不存在所谓的减肥保健的效果。
对于自制的“水果酵素”所谓的养生、保健、减肥等作用是在是不靠谱，为了追求不靠谱的“保健”效果而饮用“水果酵素”，从而增加实实在在的健康风险，这实在得不偿失。因此在面对这类饮品的时候一定要小心谨慎。
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